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Gameplay em Lego Star Wars III: The Clone Wars é semelhante aos títulos anteriores da série, e outros jogos de Lego. Até dois jogadores podem alternar entre os personagens diferentes, a fim de lutar contra os inimigos em combate, resolver quebra-cabeças complicado e progresso através dos vários níveis. Ele apresenta algumas novidades, incluindo troca de cena, onde os jogadores podem alternar entre as equipes em locais separados para completar os objetivos de várias partes, e batalhas contra chefes. O jogo também apresenta alguns elementos de estratégia em tempo real, como comandar grandes exércitos terrestres através campos de batalha. Além disso, o espaço de lutas foram remodeladas para usar um mais instintivo, sensação de espaço 3D batalha.



Ele é definido durante as Guerras Clônicas série animada, bem como certas cenas de Star Wars Episódio II:. O Ataque dos Clones, ao contrário os jogos originais, que contou com personagens dos seis filmes de Star Wars, como Lego Star Wars: The Video Game e Lego Star Wars II: The Original Trilogy.